Bakı Biznes Universitetinin ali idarəedici orqanı onun Elmi Şurasıdır. Universitetin Elmi Şurasının tərkibi Azərbaycan Respublikasının görkəmli alimləri və tanınmış pedaqoji mütəxəssislərindən təşkil edilmişdir. Elmi Şuranın iclaslarında əsasən Bakı Biznes Universitetində tədrisin yüksək təşkili, səmərəli idarə olunması və aparılması ilə əlaqədar mühüm məsələlər müzakirə edilir, məqsədyönlü, müvafiq qərarlar qəbul olunur və onların icrasına nəzarət işi həyata keçirilir. Elmi Şurada həmçinin elmi-tədqiqat işlərinin yerinə yetirilməsi, nəşr məsələləri, təşkilati məsələlər də müzakirə edilir və müvafiq qərarlar qəbul olunur. Elmi Şuranın iclaslarında təlim-tərbiyə işləri ilə yanaşı idman və digər kütləvi tədbirlərə də xüsusi diqqət yetirilir.

Elmi Şurada, eyni zamanda, universitetin inkişaf prioritetləri, idarəetmənin təkmilləşdirilməsi, təhsilin keyfiyyətinin yüksəldilməsi, elmi fəaliyyətin gücləndirilməsi və institusional inkişafla bağlı strateji məsələlərə baxılır. Bununla yanaşı, elmi-tədqiqat işlərinin səmərəli təşkili, nəşr fəaliyyəti, kadr hazırlığı, akademik mühitin inkişafı və digər təşkilati məsələlər də müzakirə edilir, müvafiq qərarlar qəbul olunur. Şurasının fəaliyyətində təlim-tərbiyə işlərinə, o cümlədən tələbələrin hərtərəfli inkişafına xidmət edən sosial-mədəni, idman və digər ictimai əhəmiyyətli tədbirlərin həyata keçirilməsinə də xüsusi diqqət yetirilir.