Bakı Biznes Universitetinin ali idarəedici orqani onun Elmi Şurasıdır. Universitetin Elmi Şurasının tərkibi Azərbaycan Respublikasının görkəmli alimləri və tanınmış pedaqoji mütəxəssislərindən təşkil edilmişdir. Elmi Şuranın iclaslarında əsasən Bakı Biznes Universitetində tədrisin yüksək təşkili, səmərəli idarə olunması və aparılması ilə əlaqədar mühüm məsələlər müzakirə edilir, məqsədyönlü, müvafiq qərarlar qəbul olunur və onların icrasına nəzarət işi həyata keçirilir. Elmi Şurada həmçinin elmi-tədqiqat işlərinin yerinə yetirilməsi, nəşr məsələləri, təşkilati məsələlər də müzakirə edilir və müvafiq qərarlar qəbul olunur. Elmi Şuranın iclaslarında təlim-tərbiyə işləri ilə yanaşı idman və digər kütləvi tədbirlərə də xüsusi diqqət yetirilir.